2013年10月18日に移民局ホームページに掲載された通知によれば、

H-1b、H-2A、またはH-2Bの申請者が、政府機関の閉鎖のせいでステータス変更やステータス延長の申請を、決められた期間内にファイルできなかったことを証明できる場合には、政府機関の閉鎖は、考慮すべき『特殊な状況（extraordinary circumstance）』であるとみなされるため、期限を経過した申請も受け付けるとのことです。

ただし、もちろん、期限の経過以外の点については、それぞれのビザの申請条件を満たしていることが条件となりますのでご注意ください。